Analizi yapılacak numunelerin mikrobiyolojik kalitesinin araştırılması sırasında, numunenin membran filtrasyon tekniği ile küçük gözeneklere sahip membran filtre kağıdı üzerinden vakum desteği ile süzülmesi Membran Filtrasyon Sistemi ile gerçekleşir. Böylece numunenin içerdiği bütün canlı mikroorganizmalar membran filtre kağıdı üzerinde tutulmuş olur. Numune içerisinde bulunan tüm mikroorganizmaları üzerinde tutmuş olan filtre kağıdı, uygun besiyeri üzerine yerleştirilerek uygun sıcaklıktaki inkübatöre, filtre kısmı yukarda kalacak şekilde yerleştirilir.